2 CircInteractome一个预测已知RNA结合蛋白与circRNA结合位点的数据库，利用Targetscan软件预测潜在的miRNA结合位点用户可通过Circular RNARBP on CircRNAmiRNA Target Sites和Divergent Primers模块进行查询，包括搜索特定的circRNA基因RBPmiRNA和设计引物及siRNA3 Circ2Traits一个收集与人类。

mirna qpcr引物设计

怎样计算基因和mirna的相关性并绘制热图 有点复杂的microRNA直接调节基因的表达，而生产相关疾病microRNA检测方面现在实时定量PCR比较常规，QANGEN可以买到相应的试剂盒临床样本处理好后，抽提RNA，再针对基因设计引物，进行PCR条件优化与上机分析，参照内参就成分析数据了microRNA研究还有RNAi，可以通过。

基因组DNA去除确保无DNA污染，如使用DNase I进行去除，随后通过失活或酶去除步骤，同时注意保护RNA，避免降解反转录酶选择AMV和MMLV反转录酶广泛使用，AMV酶适合短链cDNA，而MMLV的单体结构使其易于克隆和优化，提供更长链的合成引物设计oligodT随机引物和基因特异性引物各有其应用，如oligo。

CircInteractome数据库则专注于预测circRNA与RNAbinding proteinsRBPs的结合位点，以及与miRNA的结合情况，为circRNA机制研究提供了关键信息，包括设计Divergent PCR引物及circRNA特异性siRNA的方案TSCD数据库专注于组织特异性circRNA，基于ENCODE和NCBIGEO数据库的RNAseq数据，收集了不同组织特异性表达的。

引物设计软件primer

实时荧光定量PCRqPCR作为定性PCR的延伸，通过荧光信号实时监测PCR进程，确保了对DNA或cDNA拷贝数的敏感准确测量目前，miRNA qPCR检测方法主要有两步法和三步加尾法两种，前者使用独特设计的茎环结构引物，具有高特异性，但可能受miRNA 3#39序列多样性的挑战相比之下，三步法通过添加polyA尾和独特的尾部。

你上网搜搜parper，肯定有文献报道过的很好用的U6的primer，人家都验证过了，总比你自己再设计好吧。

不能通用这个和普通的反转录pcr一样，反转录成cDNA第一链，单链再做pcr扩增，逆向引物当然是和反转录引物部分相同，而不是互补U6是一类核小分子RNA，由RNA聚合酶III启动做miRNA的qRTPCR有茎环法和加尾法，U6很常用。

反转录是不会冲突的，后期表征所需的QPCR引物下游引物是根据反转录的茎环引物设计的，而上游引物特异性要求则很高，是特异性针对某一miRNA的序列来设计的。