Part II 利用CircInteractome数据库设计circRNA引物及siRNA靶标序列 访问CircInteractome主页，输入circRNA分子进行查询，获取junction sequence，并使用primer3或NCBI primer design工具进行引物设计siRNA干扰序列设计时，CircInteractome将提供10个候选片段，根据评分标准选择合适。

3 RNase III消化法 节省筛选时间，但可能引发非特异性沉默，适用于快速研究基因功能缺失，不适用于长时间研究和特定siRNA研究4 体内表达载体 通过DNA模板在细胞内转录，长于持续抑制，适用于已知有效siRNA，不适用于筛选siRNA序列5 siRNA表达框架 PCR直接获取，简便快速，适合筛选siRNA和启动子。

siRNA序列设计siRNA序列设计需要遵循的原则较多，但在实际的设计过程中，会有siRNA设计网站或软件辅助设计，并根据我们的。

siDirect网站设计在上面的界面中，可以输入Accestion number，也可以直接输入FASTA格式的序列，直接点击“design siRNA”即。

转染效率低和siRNA序列设计的效果不理想如果您初次使用siRNA或采用了新的细胞系，并发现沉默效果不佳，我们建议您对转染效。

操作流程如诗行般流畅首先，输入Accession Number，锁定目标区域ORF或UTR，确认你的研究对象是Mus musculus接下来，是设计的黄金时刻，你将看到一个个候选siRNA跃然屏幕上，如5#39CCCAGAGTTCTTTGCTCCGCTTATT3#39，每一个序列都蕴含着可能性BLOCKiT设计的siRNA无需额外修饰，但免费工具可能有限制。

点击你要的序列号，会进入这个基因的基本信息，一直往下拉会看到mRNAandProteins，NM开头的序列号就是其CDNA的序列了关于SiRNA，需要去网站搜索，如invitrogen，promega，等大型生物网站都有相关的tools给你设计，很方便！，你去试试吧。